Die Geschichte beginnt sieben Jahre vor den Ereignissen von FINAL FANTASY VII (1997) und folgt Zack Fair, einem jungen und ehrgeizigen Shinra SOLDAT 2. Ranges. Zack wird damit beauftragt, einen vermissten SOLDAT 1. Ranges namens Genesis Rhapsodos aufzuspüren.

Doch im Laufe seines Abenteuers entdeckt er die dunklen Geheimnisse von Shinras Experimenten und den Monstern, die sie erschaffen. Das Spiel enthält eine Reihe von Charakteren aus der FINAL FANTASY VII-Reihe wie Cloud, Sephiroth, Aerith und andere.